Seit dem 16. Jahrhundert hatte St. Stephani stets besondere Orgeln:
- Andreas de Mare: 2 Manuale + P, 19 Register, eingeweiht 1586
- Arp Schnitger: drei Manuale + Pedal, 40 Register. Mit Prinzipalpfeifen aus reinem englischem Zinn. Abgenommen 1698 durch Vincent Lübeck. Von Schnitger selbst, später durch andere Orgelbauer oft verändert und ergänzt
- Heinrich Wilhelm Eckmann: drei Manuale + Pedal, 45 Register, abgenommen 1768. Für diese Orgel schuf der Bildschnitzer Johann Krusebecker den geschichtlich letzten großen Rokoko-Prospekt, der zu den größten und bedeutendsten seiner Art gehörte. Dieses Gehäuse fand Verwendung bis in die 1940er Jahre
- E. F. Walcker & Cie: drei Manuale + Pedal, 62 Register, 1907. Die Orgel wurde im Laufe des zweiten Weltkrieges abgebaut, die Metalle in die Rüstungsindustrie gegeben. Teile des Prospektes sind erhalten
- Rudolf von Beckerath: drei Manuale + Pedal, 39 Register, Schleifladen, mech. Spieltraktur, el. Registertraktur, Setzeranlage (4000 Stationen), stufenlose Windsteuerung, eingeweiht 1965. Die Orgel wurde vom Firmengründer selbst disponiert und enthält, teilweise als Geschenk an den damaligen Organisten, Prof. Erich Ehlers, einige Besonderheiten – etwa die spanischen Trompeten. Die Orgel gehört heute zu den besten Instrumenten im norddeutschen Raum und gilt handwerklich wie klanglich als Musterbeispiel für gelungenen Orgelbau des 20. Jahrhunderts
Orgeln an St. Stephani seit dem 16. Jhdt
